复合肥料适宜作基肥。基肥的施用方法：在播种前耕地时将含有氮磷钾多种养分的颗粒复肥施入到一定深度的土壤中。施肥的深度因作物而异，粮食和蔬菜的施肥深度一般为20厘米，果树的施肥深度为30～40厘米。只有将复合肥料施入到一定深度才能供应作物中后期营养的需求。作基肥的复合肥施入作物生育期所需的全部磷和大部分钾。氮素由于性质太活泼，只能将其一部分通过复合肥施在基肥里，至少一半的氮素要以单质氮肥的形态在作物生长旺盛期作追肥施入。所以复合肥适宜做基肥用，而氮素比例不能太高。
任何一种复混肥料所含氮、磷和钾的养分比例固定，基肥施用量的计算是以磷或钾的含量为基准，而氮肥的一半需要放在中后期作追肥施用。
复合肥料一般不宜做追肥或水冲施肥。其中的磷肥，既使是全水溶态，施在土表也很少向下移动，作物根系难以利用。尽管广东的菜农朋友们习惯将进口的通用型 45%(15%-15%-15%)含量的复混肥用水溶化后浇灌叶菜有明显肥效，但是其养分利用率较低，不仅浪费肥料，成本也不合算，需要改进。
