秸秆利用最简单的方法就是粉碎后直接还田，这也是各地大力推广、应用最多的模式。由于化肥的大量施用，有机肥的用量越来越少，不利于土壤肥力的保持和提高。而秸秆经粉碎后直接翻入土壤，可有效提高土壤内的有机质，增强土壤微生物活性，提高土壤肥力。但秸秆还田方法不当，也会出现各种问题，如小麦出苗不齐、病害发生加重等。针对这些问题，秸秆直接还田后需要注意“一防二补”。
一防即防病虫草害据试验，一般条件下，秸秆还田后进行连作，病虫害有加重发生的趋势。如在北方，麦秸还田后春小麦根腐病加重，在南方则小麦全蚀病加重；大豆秸秆还田后大豆根腐病和虫害率提高。因此，秸秆还田更适合建立在轮作的基础上，这样秸秆还田的效果才能充分发挥。在轮作的基础上进行秸秆还田，是不会造成病虫害大发生的。如果在连作情况下还田秸秆，可考虑采用秸秆翻耕还田的方法，而不能采用秸秆耙耕浅层还田的方法。同时，必须要加强病虫害防治，以确保农作物优质高产。
另外，由于秸秆还田增强了土壤微生物活性，加快了除草剂等在土壤中的降解速度，缩短了药剂的残效期。因此，在秸秆还田的土壤中施用化学除草剂等，特别是播前施用的，其有效施用剂量应适当提高。
二补即补水补氮肥补水：土壤墒情好，水分充足是保证微生物分解秸秆的重要条件。秸秆还田的地块，因为土壤更加疏松，需水量更大，要早浇水、浇足水，为微生物活动创造一个合适的环境条件，以利于秸秆充分腐熟分解。补氮肥：小麦、玉米等禾本科作物秸秆的碳氮比为80∶1至100∶1，而土壤微生物分解有机物需要的碳氮比为25∶1至30∶1。也就是说，秸秆还田后需要补充大量的氮肥。否则，微生物分解秸秆必然会与作物争夺土壤中的氮素与水分，影响作物正常生长。所以，秸秆还田的地块在正常施肥外，还应趁早增施氮肥。一般情况下，小麦、玉米收获的有机质占总体的40%-50%。也就是说，亩产小麦500公斤的粮田，收获后可剩余秸秆500公斤以上，要调整到最佳的分解碳氮比，需要额外补充尿素20-25公斤（或每亩底肥施用15-15-15复合肥100-150公斤），才可达到较好的效果。
