控制性干湿交替灌溉是指人为的使作物根系半边湿润、半边处于干燥的土壤环境内，充分利用水分，避免干旱发生的一种全新灌溉方法。
干湿交替灌溉会影响作物的生长发育吗？大量的研究、试验表明，处于干燥区域内的根系吸水受到限制后，能产生一些特殊的化学物质。这些物质传输到叶片某部位后，发出受到水分胁迫的批示信号，使叶片气孔开度减小，减少叶片水分的蒸腾，从而减少水分的消耗，尽管仍有部分根系处于充分湿润状态下也是如此。发出指示信号的物质是脱落酸（ABA），主要在处于干燥土壤内的根系中形成。脱落酸的浓度随干旱的加剧而增加，可帮助作物监测土壤中的水分状况，并据此调节作物的水分消耗速率，从而使植株的干物质积累不会明显减少。总之，干湿交替灌溉对作物的生育和产量影响微小。
交替灌溉与地面全部湿润灌溉相比，可以显著减少作物株间水分蒸发损失和叶片水分蒸腾损失，提高水分的利用效率。据梁宗锁等人研究，在灌水下限控制为田间持水量的55%~65%，根系分成相等两部分实施交替灌水时，用水量减少34%~36.8%，而作物生长、产量仅下降6%~12%，节水效果极为显著。
交替灌溉通过人为的控制，干燥与湿润区域交替出现，即上次灌水的区域，下次灌水时让其干燥，而上次保持干燥的区域，下次灌水，从而使不同区域的根系能够交替，接受一定程度的水分胁迫（亏缺）。在常规沟灌的基础上，采用交替隔沟灌溉的方式，可实现交替性灌溉。利用滴灌、渗灌等系统，轮流交替着在作物的两侧供水，每次只让一侧的根系区域湿润，而另一侧的根系区域则保持干燥，也可以实现交替性灌溉。
