高锰酸钾由于具有强氧化性，可促使细菌或其它有机物立即放出新生态氧，通过氧化细菌体内的活性基因而发挥杀灭细菌作用，对杀灭原虫类、单殖吸虫类和锚头蚤等寄生虫有显著效果，是毒性小、副作用小、用量小的传统消毒剂。高锰酸钾在使用时应注意：
配现用择时使用配
制高锰酸钾水溶液最好用凉开水，因为其化学性质不稳定，水温偏高会使其迅速分解失效。配制好的水溶液通常只能保存2小时左右，当溶液变成褐紫色时就会失去消毒作用，故最好是现配现用，并且使用时要背光，在室外需上午9点前或傍晚进行，阴天要改在中午。
药量适宜安全使用
使用浓度不仅与鱼体种类、规格大小、体质状况、病情轻重、药浴密度等因素有关，而且与水体环境条件密切相关,如高锰酸钾在水体中有机物的含量高时要适当增加其用量。在海水条件下高锰酸钾的氧化还原能力更强，故在海水中用药可适当降低浓度。药量不能超出安全浓度范围，并且不能长期使用，以防引起水产动物鳃组织受损，造成急性中毒。通常情况下浸浴浓度为10毫克/升～20毫克/升，时间为15分钟～30分钟；全池泼洒浓度为4毫克/升～7毫克/升。
合理混药高效使用
为了增强杀菌效果可以将高锰酸钾与其它药物混合使用，如与甲醛配合进行熏蒸消毒，也可将高锰酸钾混入1.1%盐酸溶液中应用，药物需先分别溶解或稀释后方可混合。但配合要注意物理性或化学性的配伍禁忌，高锰酸钾与有机物如甘油、酒精、鞣酸等会还原，脱色失效，与氨及其制剂呈絮状沉淀失效，与甘油、药用炭、鞣酸研磨时可爆炸。
